包作業營業人承包工程時，不得因以工程尾款抵付罰款，而免除應收工程尾款開立統一發票與報繳營業稅的義務。
包作業承包工程，應依「營業人開立銷售憑證時限表」規定，依工程合約所載每期應收價款時開立統一發票報繳營業稅。出包人（業主）依工程合約對承包人（包作業營業人）所為的罰款，與承包人（包作業）應依前開規定時限開立統一發票係屬二事，並不影響承包人應依上述規定開立統一發票及報繳營業稅的時限，亦不得以應收工程尾款抵付罰款而僅以差額開立統一發票，免除抵付罰款部分開立統一發票與報繳營業稅的義務。
【舉例說明】甲公司於102年度承包乙公司新建工程，復於105年以多項工程未列入工程預算，雙方再洽談工程追加事宜，增加工程款500萬元，並協議以工程款增加金額抵付甲公司逾期完工的違約罰款200萬元，甲公司仍應就追加的工程款金額500萬元於約定應收款時開立統一發票並報繳營業稅，不得以實際收取金額僅為300萬元，而逕以其差額開立統一發票。另乙公司向甲公司收取違約罰款200萬元，尚非屬其銷售貨物或勞務而收取之代價，故非屬營業稅課稅範圍，乙公司應開立200萬元之收據予甲公司。
營利事業承包工程時，如以工程尾款抵付出包人依工程合約對承包人所為之罰款，不得因此而免除開立統一發票與報繳營業稅的義務，仍應依時限開立，依法報繳。