公司組織的營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。
依據財政部66年3月9日台財稅第31580號函規定，公司組織的營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（現為10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定不計入所得額的投資收益，先行抵減各該期的核定虧損後，再以虧損的餘額，自本年度純益額中扣除。另按財政部80年5月15日台財稅第800689244號函規定，營利事業所得稅結算申報列報前3年（現為10年）虧損扣除額，如與規定可扣除數額有出入，係屬調整補稅事項，可適用同法第100條之2規定加計利息一併徵收，免按同法第110條規定處罰。
【舉例說明】甲公司106年度經會計師查核簽證的營利事業所得稅結算申報案件，列報自本年度純益額中扣除102年度核定虧損金額1,800萬元，惟102年度甲公司尚有取得不計入所得額課稅的股利淨額1,550萬元，依前揭規定，應將該不計入所得額課稅的股利淨額1,550萬元，自102年度核定虧損1,800萬元中抵減後，再以虧損的餘額250萬元（1,800萬元-1,550萬元），自106年度純益額中扣除，甲公司106年度申報扣除102年度虧損1,800萬元超過規定可扣除數250萬元，除就超過數1,550萬元調整補稅外，尚須按所得稅法第100條之2規定加計利息一併徵收。
公司於適用所得稅法第39條盈虧互抵規定時，應將虧損年度不計入所得額課稅的投資收益先行抵減核定虧損後，再以餘額自本年度純益額中扣除，請營利事業注意相關法令，以免因不符規定遭國稅局調整補稅及加計利息，影響自身權益。