公司組織的營利事業,會計帳冊簿據完備,虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證,並如期申報者,得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損,自本年度純益額中扣除後,再行核課。
依據財政部66年3月9日台財稅第31580號函規定,公司組織的營利事業適用所得稅法第39條規定,自本年度純益額中扣除前3年(現為10年)各期核定虧損者,應將各該期依同法第42條規定不計入所得額的投資收益,先行抵減各該期的核定虧損後,再以虧損的餘額,自本年度純益額中扣除。另按財政部80年5月15日台財稅第800689244號函規定,營利事業所得稅結算申報列報前3年(現為10年)虧損扣除額,如與規定可扣除數額有出入,係屬調整補稅事項,可適用同法第100條之2規定加計利息一併徵收,免按同法第110條規定處罰。

【舉例說明】甲公司106年度經會計師查核簽證的營利事業所得稅結算申報案件,列報自本年度純益額中扣除102年度核定虧損金額1,800萬元,惟102年度甲公司尚有取得不計入所得額課稅的股利淨額1,550萬元,依前揭規定,應將該不計入所得額課稅的股利淨額1,550萬元,自102年度核定虧損1,800萬元中抵減後,再以虧損的餘額250萬元(1,800萬元-1,550萬元),自106年度純益額中扣除,甲公司106年度申報扣除102年度虧損1,800萬元超過規定可扣除數250萬元,除就超過數1,550萬元調整補稅外,尚須按所得稅法第100條之2規定加計利息一併徵收。

公司於適用所得稅法第39條盈虧互抵規定時,應將虧損年度不計入所得額課稅的投資收益先行抵減核定虧損後,再以餘額自本年度純益額中扣除,請營利事業注意相關法令,以免因不符規定遭國稅局調整補稅及加計利息,影響自身權益。