依臺灣地區與大陸地區人民關係條例規定，臺灣地區人民取得大陸地區來源所得，應併同臺灣地區來源所得申報繳納綜合所得稅，其在大陸地區已繳納的所得稅額，得自應納稅額中扣除。
臺灣地區人民被營利事業派赴其大陸地區辦事處服務者，其由臺灣地區總機構直接給付或撥付大陸地區辦事處給付的報酬，應由臺灣總機構扣繳義務人依所得稅法第88條規定扣繳所得稅款，並填報臺灣地區人民薪資所得扣繳憑單。臺灣地區人民如另有大陸地區營利事業給付的薪資所得，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，亦應併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅。因此，如領有大陸地區營利事業給付的所得，納稅義務人應自行併計臺灣地區所得計算應納稅額。其在大陸地區已繳納的稅額，得自應納稅額中扣抵。

【舉例說明】甲君107年度由我國境內乙公司派駐大陸的子公司工作，甲君於申報該年度綜合所得稅時，因為沒有大陸子公司給付薪資之扣繳資料，漏未併入當年度綜合所得總額申報及繳納個人綜合所得稅，經稽徵機關查獲後，除補徵本稅外，另處以罰鍰。

納稅義務人如發現有大陸地區來源所得漏未申報，在未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，請儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報及補繳稅款並加計利息，以免受罰。