為提供更完善周延的營業稅網路申報服務，財政部於108年10月28日起提供新版營業稅網路申報繳稅系統(BLR 10800.06版)，新版程式重要修正功能如下：
1.零稅率登錄「買受人名稱」開放輸入限制至40字。
2.修正舊乘人小汽車及機車進項憑證清單列印問題。
3.修正銷項登錄下方清單銷售金額欄位沒有千分號問題。4.進銷審核、固定資產審核性能調整。5.調整建檔程式，進銷項媒體檔(TXT)未滿/超過81長匯入補正。6.調整建檔程式，零稅率媒體檔(T02)第4欄資料所屬年月匯入釐正。7.金融機構代碼檔更新。8.提供109年度字軌。9.申報書/申報書回執聯列印，申報人姓名排版優化。10.零稅率審核增加審核進度條。11.零稅率媒體檔(T02)匯入功能調整。
營業人於申報108年11月(按月申報)、108年12月(按期申報)營業稅時，務必上網下載新版程式，新版程式（版本BLR 10800.06）已公布在財政部電子申報繳稅服務網站【https：//tax.nat.gov.tw】提供申報人下載，另安裝新版程式時不須移除原有程式，安裝時僅更新程式，並不影響已登錄的資料。