為提升扣繳憑單申報便利性，自106年1月1日起，扣繳義務人給付非中華民國境內居住之個人或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業應扣繳所得，已繳清扣繳稅款者，得於代扣稅款之日起10日內採網路方式完成申報；另自107年8月10日起，納稅義務人給付非居住者適用租稅協定上限稅率案件，亦可利用網路申報，惟於申報後須列印「非居住者適用租稅協定上限稅率網路申報憑單附件回執聯」，並檢附相關證明文件，郵寄至所轄稽徵機關。
扣繳義務人可至財政部電子申報繳稅服務網站（https://tax.nat.gov.tw）下載安裝最新版本各類所得憑單網路申報軟體，於期限內採網路申報非居住者各類所得扣繳憑單（含適用租稅協定案件），省時又便利。
使用網路申報，須在法定申報期間內繳清扣繳稅款完成申報，逾期案件仍須至所轄稽徵機關辦理。