由藥師、藥劑生親自主持的藥局，除經營藥品調劑、供應業務外，如有兼營藥品、營養食品或其他用品銷售業務者，應依法辦理稅籍登記並課徵營業稅。
藥師、藥劑生親自主持之藥局，依醫師處方箋調劑藥品向健保局領取之調劑費及藥品費，係屬藥局經營藥品調劑、供應業務收入，應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依加值型及非加值型營業稅法第3條第1項但書規定，非屬營業稅課稅範圍，故尚無課徵營業稅及開立統一發票問題；藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品、營養食品或其他用品銷售業務者，可免辦稅籍登記，不課徵營業稅；惟如有兼營藥品、營養食品或其他用品銷售業務者，則應依法辦理稅籍登記，並依法課徵營業稅。
藥局如有兼營藥品、營養食品或其他用品銷售業務未辦稅籍登記者，在未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，請儘速向轄區國稅局辦理稅籍登記，自動補報繳所漏稅款並加計利息者，可適用稅捐稽徵法第48條之1規定，免予處罰。