為因應國際移轉訂價發展趨勢及提升課稅資訊透明度，財政部於106年11月13日修正發布營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則部分條文，增訂跨國企業集團在我國境內有營利事業成員(含最終母公司)者應送交「集團主檔報告」及「國別報告」，並自106年度營利事業所得稅結算申報案件適用。
跨國企業集團如符合下列條件者，應於108年12月31日前送交107年度集團主檔報告或國別報告：
一、營利事業應送交集團主檔報告規定：
(一)適用門檻：營利事業全年營業收入淨額及非營業收入合計數達新臺幣30億元，且全年跨境受控交易總額達新臺幣15億元。
(二)送交主體：屬跨國企業集團成員之我國營利事業。如集團於境內有2個以上成員者，得指定其中一個成員送交。
(三)送交方式：
1.採網路申報方式送交者，至財政部電子申報繳稅服務網站(網址：https://tax.nat.gov.tw)下載並安裝「營利事業國別報告及集團主檔報告電子送交系統」程式，將已核章之集團主檔報告申報書封面掃描成電子檔及集團主檔報告電子檔，以附件上傳方式送交，上傳成功者，即完成送交作業。
2.如採紙本或經掃描後以光碟片代替紙本者，應連同已核章之集團主檔報告封面送交所在地分局、稽徵所。
二、營利事業應送交國別報告規定：
(一)適用門檻：集團前一年度合併收入總額達新臺幣270億元。
(二)送交主體：
1.集團之最終母公司在我國境內，由境內最終母公司送交。
2.集團之最終母公司在我國境外，得由該最終母公司或其指定代理送交成員送交，惟我國無法透過相關協定(如租稅協定、資訊交換協定等)取得國別報告時，應由我國境內之營利事業成員送交國別報告。集團於我國境內如有多個成員，得指定由其中一個成員送交。
(三)送交方式：
至財政部電子申報繳稅服務網站(網址：https://tax.nat.gov.tw)下載並安裝「營利事業國別報告及集團主檔報告電子送交系統」程式，將國別報告資料繕打完成後，可採下列方式完成送交：
1.網路申報：建檔完畢並經審核無誤後，選擇上傳國別報告資料，並將已核章之國別報告申報書封面掃描成電子檔，選擇附件上傳，上傳成功者，即完成送交作業。
2.媒體申報：建檔完畢轉檔為媒體申報光碟檔案資料，經審核無誤後，採用媒體申報方式，檢齊媒體光碟、媒體檔案遞送單，連同已核章之國別報告封面送交所在地分局、稽徵所。
營利事業應留意自身是否符合送交集團主檔報告及國別報告之門檻，且網路申報系統已可全年度上傳資料，將更便利跨國企業集團送交報告。