納稅義務人於綜合所得稅結算申報期間，可透過自然人憑證、健保卡至財政部電子申報繳稅服務網站（https://tax.nat.gov.tw）使用申報軟體或到國稅局臨櫃等方式查詢各類所得資料，惟如有稽徵機關所得資料清單未列入的所得，仍應依法一併辦理申報，以免遭補稅處罰。
依據所得稅法第71條第1項規定，綜合所得稅係採自行申報制，有所得即應據實申報，納稅義務人於結算申報期間得向稽徵機關查詢課稅年度所得及扣除額資料，惟提供查詢之所得資料主要係扣繳義務人及營利事業於法定申報期限前彙報稽徵機關之扣免繳憑單及股利憑單等資料，僅作為申報綜合所得稅時之參考。納稅義務人憑以透過網際網路辦理結算申報，其短漏報之課稅所得，如屬稽徵機關依規定應提供而未能提供之所得資料（例如扣繳義務人逾申報期限始申報之憑單資料），固得依稅務違章案件減免處罰標準第3條第2項第1款第1目規定免予處罰；惟短漏報之所得如非屬稽徵機關依規定應提供而未能提供之所得資料（例如大陸地區來源所得、海外所得、財產交易所得、個人間之租賃或勞務所得或其他非屬扣免繳憑單範圍之所得），仍應依所得稅法第110條第1項規定處罰。
【舉例說明】甲君107年5月1日以臨櫃方式查詢其106年度所得及扣除額等資料，並透過網際網路辦理106年度綜合所得稅結算申報，惟其漏報出租予個人供住家使用之租賃所得，非屬財政部財政資訊中心或稽徵機關依規定應提供之所得資料，甲君漏報該筆租賃所得，即無前揭稅務違章案件減免處罰標準免罰規定之適用，仍應依法補稅處罰。
納稅義務人查詢之所得資料，僅為申報綜合所得稅時之參考，如尚有其他來源之所得資料，仍應依法辦理申報；未依規定辦理申報而有短報或漏報情事者，除依規定免罰者外，仍應依所得稅法及其相關規定處罰。