境外電商營業人如有銷售電子勞務予我國境內自然人，屬境外電商營業稅新制課稅範圍，且年銷售額超過新臺幣48萬元者，如有銷售額漏未申報情事，應儘速向主管稽徵機關補報補繳所漏銷售額與稅額。
自106年5月1日起，境外電商營業人在我國無固定營業場所，而運用自行或他人架設之網站或建置之電子系統，銷售電子書、電影、電視劇、音樂等影音服務、線上遊戲或網路訂房等電子勞務予我國境內自然人，年銷售額超過新臺幣48萬元者，應自行或委託報稅代理人辦理稅籍登記，並依規定申報繳納營業稅。此境外電商課稅新制施行迄今，經該局積極推行宣導，陸續有境外電商營業人前來辦理稅籍登記，但未注意辦理稅籍登記前，如已有銷售電子勞務予我國境內自然人，且銷售額超過新臺幣48萬元，仍應自動補報補繳所漏銷售額與稅額。
【舉例說明】某境外電商營業人於108年1月1日向稽徵機關辦妥稅籍登記，並按期申報繳納營業稅，嗣經稽徵機關查獲該境外電商營業人於106年5月至107年12月（即辦理稅籍登記前）以網路銷售影音服務予我國境內自然人之金額計新臺幣525萬元，未依法向主管稽徵機關自動補報補繳，除被追繳稅款新臺幣25萬元（525萬元/1.05*5%）外，並按所漏稅額處5倍以下罰鍰。
網路交易查核作業為財政部108年維護租稅公平重點工作計畫之一，稽徵機關為掌握境外電商營業人是否覈實報繳營業稅，已蒐集金流資料與其銷售額進行勾稽比對，請境外電商營業人或其報稅代理人，務必自行檢視，如有短漏報銷售額，請儘速至財政部稅務入口網（網址：https://www.etax.nat.gov.tw/；路徑：首頁/境外電商課稅專區/營業稅專區/申報繳納營業稅/申報資料登錄及更正）自動補報補繳所漏稅款，凡屬未經檢舉及稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第48條之1規定，除加計利息外，將可免除逃漏稅之處罰。