為配合推動「電子化政府」，除扣繳單位營利事業因解散、廢止、合併或轉讓，或機關團體裁撤、變更時，或逾期申報案件，無法採網路申報外，其餘案件（包含所得人為居住者及非居住者）皆可採網路申報。
扣繳義務人可至財政部電子申報繳稅服務網站(https://tax.nat.gov.tw)下載「各類所得憑單電子申報系統」，安裝後執行申報軟體系統，將輸入完成之申報資料上傳申報。
若扣繳單位因遷址而變更稅籍編號，扣繳義務人應以變更後之稅籍編號輸入申報軟體系統「申報單位基本資料」之「營利事業/扣繳單位稅籍編號」欄位，以免因稅籍編號錯誤致審核不通過，而無法上傳申報。例如，A公司於106年12月由甲地遷移至乙地，並已至稽徵機關辦理稅籍變更，則扣繳義務人於107年1月採網路申報扣（免）繳憑單時，應以申報時設籍之乙地稅籍編號輸入申報軟體系統，方能完成申報作業。