公司或有限合夥事業如欲申請適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報租稅減免明細表並檢具證明文件。
依公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法規定，從事研究發展之支出適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內(以107會計年度採曆年制之公司為例，應於108年2月1日起至108年5月31日止)，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關(例如經濟部工業局)申請當年度研究發展活動審查認定，且應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附相關文件。填報資料如有疏漏，應於所得稅法規定申報期限(即5月31日)屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
【舉例說明】
轄內甲公司104年度營利事業所得稅結算申報，未申報投資抵減稅額且漏未填報租稅減免明細表第A3頁、A10-1頁及A15-2頁，亦未在當年度營利事業所得稅申報期間屆滿前補正，遲至稅捐稽徵機關就其申報完成核定後，才申請更正增列適用產業創新條例研究發展支出投資抵減2百萬餘元。甲公司雖已取得中央目的事業主管機關認定當年度研究發展活動，惟未於申報期限內依規定格式填報租稅減免明細表及檢具相關資料，且未於申報期限內補正，該局乃否准其更正增列投資抵減稅額。
特別呼籲，公司或有限合夥事業適用產業創新條例申報研究發展支出投資抵減者，應注意相關法令規定期限，以免因未符規定而無法適用租稅抵減，影響自身權益。