107會計年度採曆年制之公司、有限合夥事業及中小企業如欲適用產業創新條例或中小企業發展條例之研究發展支出投資抵減，依規定最遲應於本(108)年5月31日前，向中央目的事業主管機關提出研究發展活動及專案支出認定之申請，逾期申請，將無法適用投資抵減優惠。
公司、有限合夥事業及中小企業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，依相關規定應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，以107年度之研發支出為例，應於108年2月1日起至108年5月31日止檢附相關文件，向中央目的事業主管機關申請研究發展活動事實之認定，並於辦理營利事業所得稅結算申報時，分別填報營利事業所得稅結算申報書租稅減免附冊第A15-2頁或第A15-3頁，申請主體及研發活動經主管機關認定符合資格要件及獎勵範圍，始有投資抵減獎勵之適用。
公司、有限合夥事業及中小企業若有：
(一)專為研究發展購買或使用之專用技術之費用
(二)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用
(三)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用
(四)與國內外公司、大專院校或研究機構共同研究發展所為之支出等，須另向中央目的事業主管機關申請專案認定，該專案認定之申請，應與研究發展活動認定之申請案件併案提出但請分開裝訂。申請日之認定，以申請書送達中央目的事業主管機關之日或交郵當日之郵戳所載日期為準。
特別提醒，為避免重複適用租稅優惠，公司、有限合夥事業及中小企業如同時符合產業創新條例第10條及中小企業發展條例第35條第1項研究發展支出適用投資抵減之規定，應於辦理結算申報時擇一填報，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。