公益慈善機關團體為使資金做妥善運用，獲取更高額利潤，不再只是購買定期存單或是股票，基金投資已成為時下常見的投資方式之一。依據教育文化公益慈善機關或團體(以下稱機關團體)免納所得稅適用標準(以下稱免稅標準)第2條第1項第5款規定，機關團體的基金及各項收入，除零用金外，均存放於金融機構，或購買公債、公司債、金融債券、國庫券、可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、銀行或票券金融公司保證發行之商業本票、上市、上櫃公司股票或國內證券投資信託公司發行之受益憑證，機關團體如要做其他資金運用，例如投資海外基金就必須經主管機關核准，始有免稅標準規定之適用。
【舉例說明】
甲機關團體105年度查有投資海外基金之財產交易所得50萬元，海外營利所得300萬元及海外利息所得250萬元，經查核其投資前並未向主管機關報備，該機關團體105年度雖然用於與其創設目的有關活動支出達到其當年度全部收入及孳息60%以上，惟仍不符合免稅規定，核定補稅30餘萬元。
特別提醒，機關團體資金運用需遵循免稅標準相關規定，若想將資金運用於其他投資管道，必須事先向主管機關報備，經其核准始能投資，以免因不符合免稅標準相關規定而必須就其當年度本身所得及其附屬作業組織所得，全數課徵所得稅。