網路電子結算申報繳稅系統，係國稅局所提供多元、便民之申報管道之一，但納稅義務人並不因採用該系統而免除誠實申報及正確計算應納稅額之義務，故民眾申報綜合所得稅，採用網路申報時，務必謹慎核對所得資料是否正確，並於網路申報後應確認是否上傳成功，以免結算申報程序未完成，經稽徵機關核定為未申報案件，在扣除額、短漏報處罰及核課期間的適用與申報案件不同，而損害自身權益。
【舉例說明】
甲君於105年度有薪資所得700,000元，已超過當年度規定免稅額及標準扣除額合計數，未辦理綜合所得稅結算申報，經機關單位查獲，以標準扣除額方式核定應納稅額10,000元。甲君不服，申請復查主張，係採用電子系統申報繳稅，並以列舉扣除額方式計算應納稅額，未注意上傳成功與否，導致為未申報案件，請改依原申報列舉扣除額方式核算應納稅額。經機關單位以其結算申報程序未完成，屬未辦理結算申報案件，駁回其復查申請，甲君未提起訴願，而告確定。
進一步說明，應辦理結算申報而未辦理者，依所得稅法規定，除經稽徵機關核定應納稅額後將不得改採列舉扣除額外，如有短漏稅者，罰則亦較申報案件為高，另依稅捐稽徵法規定，核課期間將由5年延長為7年。
特別提醒民眾，每年5月份申報上一年度綜合所得稅採用網路申報者，不要忘記確認是否上傳成功，檢視方法可在申報上傳時，查看系統是否有回傳完成申報訊息、列印之申報資料有無「檔案編號」及「回執聯」，或者申報後至「財政部電子申報繳稅服務網」(https://tax.nat.gov.tw)檢驗是否完成申報，以免權利受損。