總機構在中華民國境內之營利事業應就境內外全部所得辦理結算申報並繳納營利事業所得稅。其境外所得已依所得來源國規定繳納之所得稅，可於限額內扣抵應納稅額，但取得租稅協定他方締約國之來源所得時，應留意是否有租稅協定減免課稅之適用。如因未提出適用租稅協定申請致溢繳之國外稅額，將不得申報扣抵國內應納營利事業所得稅。
【案例說明】
境內甲公司來電詢問，107年度接受境外行動通訊軟體商A公司委託代為繪製貼圖，約定價金10萬美元，並由A公司扣繳國外稅款2萬美元，則於我國辦理107年度營利事業所得稅結算申報時，該筆收入是否應併入申報？若是，尚需負擔按本國稅率20%計算之營利事業所得稅，造成同筆收入遭重複課稅，稅賦負擔過於沉重。
依據所得稅法第3條第2項規定，總機構在中華民國境內之營利事業應就境內外所得，合併課徵營利事業所得稅，但可就所得來源國已繳納之所得稅於限額內予以扣抵，以消除重複課稅；另目前我國已生效之租稅協定共有32個，取得境外之所得如依所得稅協定屬於他方締約國免予課稅或訂有上限稅率之所得，均可申請適用協定規定減免課稅，以減輕營利事業負擔，惟若營利事業未主動向他方締約國申請適用所得稅協定而溢繳國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定，將不得申報扣抵國內應納營利事業所得稅。
特別提醒，營利事業經營事業取得境外所得時，應留意所得來源國是否與我國簽有所得稅租稅協定，如屬他方締約國應免予課稅或訂有上限稅率之所得，可先向我國稅捐稽徵機關申請核發居住者證明，並檢具他方締約國規定之申請文件，向該國稅務機關申請適用租稅協定，以避免遭重複課稅。