學校依教育部訂定「專科以上學校產學合作實施辦法」第3條各款規定辦理產學合作事項取得之收入徵免營業稅規定，其中學校接受政府機關委託辦理專題研究、檢測檢驗、技術服務等研究計畫，明定研究成果歸屬於政府機關或與政府機關公同共有者，其取得之受託研究費用，依該部99年11月23日台財稅字第09900331970號令規定，按下列規定免徵營業稅：
一、政府機關委託專業領域研究人員進行研究，以學校名義與政府機關簽訂委託研究契約者，學校向政府機關收取之研究報酬，屬代收轉付與研究人員，及其向政府機關收取之研究訪查費、郵費、印刷費及其他相關費用，如符合代收代付規定，亦免列入其銷售額課徵營業稅；至學校因負責計畫管理等行政業務而收取之管理費，雖屬銷售勞務之收入，惟依加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第8條第1項第5款及財政部75年9月26日台財稅第7545342號函規定，免徵營業稅。
二、學校接受政府機關委託研究，而由其受僱人員執行研究，學校收取之受託研究費用，核符營業稅法第8條第1項第5款規定，免徵營業稅。
進一步說明，有關大學接受非政府機關委託辦理專題研究、檢測檢驗、技術服務、技術移轉及智慧財產權益運用等產學合作事項取得之收入，有無營業稅法第8條第1項第31款經主管機關核准設立之學術、科技研究機構提供研究勞務免徵營業稅規定之適用，財政部已於今日函詢教育部意見，將俟獲致共識後，研擬訂定相關規定。