依所得稅法第39條第1項規定，營利事業以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。

進一步說明：公司組織之營利事業，其虧損及申報扣除年度經稽徵機關查獲有短漏報所得額情事，如依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣10萬元，或短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，仍准適用所得稅法第39條有關盈虧互抵之規定。

【舉例說明】
機關單位查核甲公司104年度營利事業所得稅結算申報案，該公司列報全年所得額150萬元，依所得稅法第39條盈虧互抵150萬元，課稅所得額為0元，惟經查獲虛列營業成本致短漏所得額300萬元，因短漏所得稅額51萬元已超過10萬元，依上揭規定非屬短漏報情節輕微，否准適用所得稅法第39條規定之盈虧互抵，核定課稅所得額450萬元，補徵稅額75萬元。

特別提醒，虧損及申報扣除年度倘經稽徵機關查獲有短漏所得額情事，情節重大者將不適用所得稅法第39條規定之盈虧互抵，營利事業應注意依相關規定辦理申報，以維護自身權益。