納稅義務人於辦理綜合所得稅結算申報，應確認已完成申報程序，以免事後遭國稅局以未申報予以補稅及處罰。
【舉例說明】
甲君及其受扶養親屬105年度有執行業務及薪資所得合計1,250,851元，已超過當年度規定免稅額及標準扣除額之合計數，未辦理綜合所得稅結算申報，經該局查獲，以標準扣除額方式核定補稅及處罰。甲君不服，主張其薪資所得數年來皆按月扣繳，沒有突然不申報理由，其僅領有薪資所得，完全無逃漏稅之虞，請免予處罰，申請復查。經該局以甲君未能提示已辦理結算申報之具體事證，駁回其復查申請。
特別提醒納稅義務人注意，於辦理綜合所得稅結算申報時，務須確認申報程序確實完成，並取具收執聯及相關證明文件，若透過網際網路辦理結算申報，無論是否須繳納自繳稅款，均應注意確實完成上傳程序，並列印有「檔案編號」之收執聯，以維護自身權益，如於綜合所得稅結算申報期間結束後始察覺未完成申報手續時，亦應於稽徵機關查獲前，儘速辦理補申報事宜，以免遭國稅局以未申報案件補稅及處罰。