依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定,納稅義務人取得大陸地區來源所得,應併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅。但其在大陸地區已繳納之所得稅額,得自應納稅額中扣抵,惟不得超過因加計大陸地區來源所得,而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。

【舉例說明】
納稅義務人甲君辦理104年度綜合所得稅結算申報,漏報取自大陸地區薪資所得400,000元,經查獲,除補稅外並處罰鍰,甲君不服,主張臨櫃申請104年度之所得資料,並無該筆大陸地區來源薪資所得,自無從申報云云,申請復查。案經國稅局以大陸地區來源所得非屬提供查詢之所得資料範圍,且綜合所得稅係採自行申報制,甲君有大陸地區薪資所得自應依法辦理申報為由,予以復查駁回確定在案。

進一步說明,民眾於綜合所得稅申報期間利用電子憑證查詢、下載之所得資料或向稽徵機關辦理臨櫃查詢之所得資料,均僅供申報時參考,如尚有其他來源之所得資料,仍應依法辦理申報,納稅義務人查調所得資料時,皆有上開明確說明提醒納稅義務人注意,倘未依規定辦理申報致有短報或漏報情事,仍應依所得稅法及其相關規定處罰。