依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，納稅義務人取得大陸地區來源所得，應併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅。但其在大陸地區已繳納之所得稅額，得自應納稅額中扣抵，惟不得超過因加計大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
【舉例說明】
納稅義務人甲君辦理104年度綜合所得稅結算申報，漏報取自大陸地區薪資所得400,000元，經查獲，除補稅外並處罰鍰，甲君不服，主張臨櫃申請104年度之所得資料，並無該筆大陸地區來源薪資所得，自無從申報云云，申請復查。案經國稅局以大陸地區來源所得非屬提供查詢之所得資料範圍，且綜合所得稅係採自行申報制，甲君有大陸地區薪資所得自應依法辦理申報為由，予以復查駁回確定在案。
進一步說明，民眾於綜合所得稅申報期間利用電子憑證查詢、下載之所得資料或向稽徵機關辦理臨櫃查詢之所得資料，均僅供申報時參考，如尚有其他來源之所得資料，仍應依法辦理申報，納稅義務人查調所得資料時，皆有上開明確說明提醒納稅義務人注意，倘未依規定辦理申報致有短報或漏報情事，仍應依所得稅法及其相關規定處罰。