營利事業投資國外基金利得，應與其國內之營利事業所得合併申報營利事業所得稅，不適用所得稅法第4條之1證券交易所得停止課徵所得稅之規定。
共同基金依註冊地區不同區分為國內基金及國外基金，國內基金指在國內登記註冊之基金；國外基金指登記註冊在我國以外地區，由國外基金公司發行，經我國政府核准後在國內銷售之基金。

【國內基金】依規定處分國內基金所發生的利得，屬於證券交易所得，依所得稅法第4條之1於證券交易所得停徵期間，免徵所得稅，只須列報所得基本稅額。【國外基金】國外基金因非屬所得稅法規定停徵所得稅之有價證券，應依所得稅法第3條第2項規定就境內外所得合併申報營利事業所得稅。

【舉例說明】
甲公司104年度營利事業所得稅結算申報，申報停徵之證券交易所得300餘萬元，國稅局查核後發現其中200萬餘元屬處分上市股票利得，餘100萬元為處分國外基金利得，非屬停徵證券交易所得之適用範圍，不得自課稅所得額中減除，乃遭該局依規定補徵稅額並處以罰鍰。

營利事業從事基金交易應區分境內基金或境外基金，於辦理營利事業所得稅結算申報時正確申報，以免因錯誤遭補稅處罰。