兩稅合一稅制已於103年經立法院三讀通過修正，並自104年1月1日施行，為衡平與公司組織營利事業之租稅負擔，獨資、合夥組織之營利事業相關課稅規定亦一併調整修正，包括所得稅法第14條、第71條、第75條、第79條、第108條及第110條涉及獨資或合夥組織營利事業所得稅之計算、申報、處罰等事項，自104年度施行。
全國獨資、合夥的組織占全部營業人的比例超過五成，除了小規模營利事業外，其餘自104年度起都必須按上述修正後的規定報繳所得稅；跟以往年度不同的是，獨資或合夥的營利事業辦理營利事業所得稅結(決)、清算申報時，必須就應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，在申報前先自行繳納。至於獨資資本主或合夥組織的合夥人，則應以營利事業所得額扣除應納稅額半數後之餘額，列報於綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。
【舉例說明】
甲獨資商號104年度營利事業所得為800萬元，依照營利事業所得稅稅率17%計算，該商號應納稅額為136萬元，又該商號104年度之利息收入經扣繳單位扣繳稅額2萬元，故該商號必須先行繳納營利事業所得稅66萬元(136萬元÷2-2萬元)後，在105年5月31日前申報營利事業所得稅，而該商號的資本主，則以營利事業所得額800萬元減除前述應納稅額的半數68萬元(136萬元÷2)後之餘額732萬元，列報於104年度綜合所得稅結算申報之營利所得。