依「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」及「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」規定，公司適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內。也就是說，公司適用投資抵減的研究發展支出應排除政府補助款，以避免同一筆研發費用支出享有政府補助及租稅減免的雙重優惠。
政府為鼓勵公司從事研究與發展，提升國際競爭力，以健全經濟發展，對於公司之研究發展支出，訂有租稅減免之獎勵規定；但是公司如已向各級政府機構申請研究補助，並取得政府補助款，除於辦理營利事業所得稅結算申報時將該筆補助款列報為收入外，並應自申請租稅獎勵之研究發展支出中減除。
【舉例說明】
國稅稅於查核轄內某公司103年度營利事業所得稅結算申報案件時，發現該公司列報研究發展支出2,000萬元，並依產業創新條例申請適用研發投資抵減稅額300萬元(支出2,000萬元×抵減率15%)。經進一步查核發現，該公司於當年度已取得經濟部給付研究發展計畫補助款500萬元，雖已依規定將補助款列報為其他收入，惟該筆補助款並未自申請投資抵減的研究發展支出中減除，經國稅局依規定減除後，核定適用研發投資抵減稅額225萬元(支出1,500萬元×抵減率15%)，補徵稅額75萬元。