綜合所得稅納稅義務人未辦理結算申報，經國稅局核定應納稅額後，不得申請適用所得稅法第17條第1項第2款第2目規定之列舉扣除額；另外納稅義務人已辦理結算申報，經選定適用標準扣除額者，當結算申報案件經稽徵機關核定後，也不得再要求變更為適用列舉扣除額。
進一步說明，實務上，部分納稅義務人綜合所得稅結算申報原採用標準扣除額，於接獲稽徵機關核定稅額繳款書後，才持捐贈、保險費、醫療費收據及自用住宅購屋借款利息繳息清單等資料，向所轄稽徵機關申請改採列舉扣除額，以減免稅款，惟依照規定經稽徵機關核定後即不得要求變更為適用列舉扣除額。 又綜合所得得稅納稅義務人未依規定期限辦理結算申報，在稽徵機關核定應納稅額前補辦申報者，可適用所得稅法第17條第1項第2款第2目規定之捐贈、保險費、醫藥及生育費、災害損失、購屋借款利息及房屋租金支出等列舉扣除額，惟經稽徵機關核定之案件，則不適用上述申請補報列舉扣除額之規定，請納稅義務人應特別留意。