【舉例說明】
某一兼營免稅貨物之甲公司，於98至102年間兼營未經加工之生鮮農產品，於未經申請核准放棄免稅前，即開立應稅統一發票交付買受人，並將不得扣抵之進項稅額340萬餘元扣抵各期銷項稅額，經查獲，發單補徵前述不得扣抵之340萬餘元。甲公司不服，主張其所兼營之農產品，自進口時即取得已繳納營業稅之進項憑證，銷貨時亦開立應稅發票申報繳納，並無短漏報稅，國稅局卻以其未申請核准放棄免稅，並據以調整不得扣抵比例，而予以補徵稅額，形成重複課稅，提起復查。

進一步說明，本案甲公司於84年4月即向改制前之高雄市稅捐稽徵處乙分處申請設立營業登記，並經該分處核准其依營業稅法第四章第一節規定按一般稅額計算課稅，然未於設立登記核准函中告知銷售免稅貨物者，應依同法第8條第2項規定申請核准放棄免稅，方得開立應稅統一發票及申報應稅銷售額之相關規定，惟考量甲公司自98年1月至102年10月銷售免稅貨物，雖未申請核准放棄免稅，即開立應稅統一發票，然未有藉應稅、免稅交互開立統一發票，且無取巧規避稅負之情事，又經輔導後，甲公司已補填具放棄免稅申請書及相關書表，是依財政部104年5月7日台財稅字第10304633410號令規定，准其自開始銷售免稅貨物申報應稅銷售額之當期適用放棄免稅，從而撤銷原核定。

提醒納稅人，是類案件經稽徵機關查獲尚未核課確定，抑或營業人自行發現，如符合前揭規定者，可補填具放棄免稅申請書及「營業人申請放棄適用免稅規定銷售額分析表」向主管稽徵機關申請。