104/02/04-【盈虧互抵】依企業併購法合併之存續公司，其繼受之虧損扣抵以5年為限
政府為利於企業以併購方式進行組織調整，發揮企業經營效率，特制定企業併購法。依該法第38條第1項規定，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經稽徵機關核定尚未扣除之前5年度內各期虧損，按各該公司股東因核定而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。
【舉例說明】
甲公司98年度營利事業所得稅結算申報，經國稅局查得，甲公司與乙公司於98年間合併，甲公司為存續公司，其列報繼受乙公司92年度虧損扣除額400萬餘元，因該虧損扣除額至98年度已逾5年，乃否准認列，核定虧損扣除額為0元。甲公司不服，主張企業併購法第38條之立法目的，係規範參與合併公司合併前尚未扣除之虧損扣除數可合理由合併後存續或新設公司承受使用，減少公司因併購而喪失已享有之租稅權益，依此立法目的，所得稅法第39條已將扣除年限由前5年虧損改為前10年虧損，該規定應可適用企業併購法第38條第1項規定為由。循序提起行政救濟，經行政法院判決甲公司敗訴。
行政法院判決理由指出，有關公司併購，企業併購法係居於優先適用之特別法地位，該法未規定者，始適用其他法律之規定。觀諸企業併購法第38條第1項規定及立法理由，乃特別針對企業併購之所得稅規定，自應優先適用，而非適用或準用修正前或修正後所得稅法第39條之規定。甲公司與乙公司既選擇合併，應已就企業合併後之經營效益有所衡量，基於租稅法定主義，甲公司主張核非有據，乃判決甲公司敗訴。
公司依企業併購法進行合併時，有關租稅措施應優先適用該法規定，公司於併購前應先行評估利弊，以免影響自身權益。