教育、文化、公益、慈善機關或團體如期辦理所得稅結算申報並經會計師查核簽證，屬「銷售貨物或勞務」部分所發生之虧損得適用所得稅法第39條有關盈虧互抵之規定，而「非銷售貨物或勞務」部分所發生之虧損，則不適用。
機關團體常將以前年度全部之虧損申報適用盈虧互抵，並未區分虧損係源自於「銷售貨物或勞務」或「非銷售貨物或勞務」，或虧損及申報扣除年度並未委請會計師查核簽證申報，致與盈虧互抵規定不符，影響課稅所得額計算之正確性。
【舉例說明】
假設財團法人幸福基金會100及101年度辦理所得稅結算申報時，均經會計師查核簽證，其100年度申報餘絀數計-350萬元，其中屬銷售貨物或勞務虧損50萬元，非銷售貨物或勞務虧損300萬元；另101年度餘絀數計500萬元，其中屬銷售貨物或勞務所得300萬元，非銷售貨物或勞務所得200萬元，並符合「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」規定，則該基金會101年度課稅所得額及應納稅額計算如下：
一、課稅所得額
=101年度銷售貨物或勞務所得300萬元-100年度銷售貨物或勞務虧損50萬元=250萬元
二、應納稅額
=課稅所得額250萬元×稅率17%=42.5萬元。
提醒機關或團體，適用盈虧互抵時應注意相關規定，以免遭稽徵機關調整補稅。