近年來常有營利事業為妥善運用資金，利用閒置資金向金融機構申購國內外基金作為投資選擇，但必須注意買賣國外基金之利得，並不屬於停徵證券交易所得稅之範圍。
基金投資分為國內基金及國外基金兩種:
【國內基金】係指在國內登記註冊並發行之基金，依現行所得稅法第4條之1規定，處分國內基金所發生之利得屬證券交易所得，於證券交易所得停徵期間，免徵營利事業所得稅，惟應申報營利事業所得基本稅額。
【國外基金】係指登記註冊在我國以外之地區，由國外基金公司所發行，經我國政府核准後在國內銷售之基金，其處分基金之利得屬於境外投資所得，不適用有關證券交易所得停徵所得稅之規定，仍應依所得稅法第3條第2項規定併計營利事業所得額申報納稅。
營利事業除了處分國外基金之利得應課徵所得稅外，舉凡國外基金配發孳息、基金轉換（即贖回基金再申購新基金）或合併消滅等交易認列之收益，亦屬營利事業的境外所得，應併計營利事業所得額課稅。營利事業若無法判斷持有之基金投資為國內基金或國外基金，可逕向基金申購單位查詢或自行上網查詢境外基金資訊觀測站（網址http：//announce.fundclear.com.tw）之公開資訊，以免申報錯誤而受罰。