綜合所得稅採家戶申報制，於婚姻關係存續中，除有法定事由得分開辦理綜合所得稅結算申報外，夫妻所得均應合併辦理結算申報。
進一步指出，納稅義務人與配偶在年度中結婚或離婚，於辦理該年度綜合所得稅結算申報時，得選擇分別或合併申報；分居之納稅義務人及其配偶，若有以下情況，始可分開各自辦理綜合所得稅申報及計算稅額，免合併歸戶核課，否則仍應合併申報：
1.符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上，向法院聲請宣告採用分別財產者。
2.符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上，經法院裁定為未成年子女權利義務之行使或負擔者。
3.依據家庭暴力防制法規定取得通常保護令者。4.納稅義務人或配偶取得前款通常保護令前，已取得暫時保護令或緊急保護令者。
【舉例說明】
某甲與配偶於102年間結婚，嗣因夫妻感情不睦處於分居狀態，但沒有上開得分開申報之情形，某甲於107年辦理106年度綜合所得結算申報時，雙方均未於結算申報書中填載配偶姓名、身分證統一編號，亦未勾選「分居」，即各自分別辦理結算申報，因某甲與配偶106年度仍有婚姻關係，且分居原因不符上開規定，某甲未與配偶合併辦理結算申報致短漏稅額，經該局查獲後除補稅外，並依法處漏稅額0.2倍罰鍰。
提醒納稅義務人，夫妻如無法定得各自辦理結算申報之事由，仍應合併辦理結算申報，並得選擇各類所得合併計算稅額、薪資所得分開計算稅額或各類所得分開計算稅額中最有利之方式計算稅額。如僅因夫妻感情不睦之原因分居，導致無法合併辦理結算申報者，可分別填報申報書，但仍應於申報書上填寫配偶姓名、身分證統一編號及勾選「分居」字樣，由國稅局按夫妻所得額、扣除額資料歸戶，據以核定夫妻各自應補徵或退還稅額，否則恐涉及規避累進稅率短漏稅捐，經查獲後除補稅外，還會處以罰鍰。