合於所得稅法第11條第4項之教育、文化、慈善機關或團體(以下簡稱機關團體)，因投資國內營利事業而所獲配之股利或盈餘，自107年度起應計入其銷售貨物或勞務以外之收入，再依所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(下稱「免稅標準」)第2條及第3條規定計算課稅所得額，徵免所得稅。
機關團體不得分配盈餘予他人，其所獲配股利或盈餘是最終受益者，與營利事業取得轉投資收益嗣後再分配與個人股東時課稅情形不同，而依「免稅標準」第3條第1項規定，機關團體銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅；是機關團體獲配之股利或盈餘，倘比照營利事業不計入所得額課稅，而自銷售貨物或勞務以外之收入中排除，將虛增不足支應數，造成課稅所得額減少之情形，如此則與免稅標準訂定，係為使營利事業與機關團體經營相同營業時，處於公平競爭地位，爰對銷售貨物或勞務之所得課稅之立法意旨不符，故自107年度廢除所得稅兩稅合一設算扣抵制度起，機關團體所獲配之股利或盈餘應併入其銷售貨物或勞務以外之收入，以維護租稅公平。
【舉例說明】
A協會107年之銷售貨物或勞務以外之收入有600萬，其中包括股利收入100萬元，而與創設目的有關的活動支出為700萬元，銷售貨物與勞務的所得為120萬元，則A協會107年之課稅所得應為20萬元〔120萬+(600萬-700萬)〕，而非-80萬元〔120萬+(600萬-100萬-700萬)〕。
特別提醒，機關團體應特別注意獲配股利或盈餘自107年度起應計入銷售貨物或勞務以外之收入，俾據以計算所得額課稅，以避免漏報課稅所得因而受罰。