綜合所得稅採自行申報制，乃重在誠實報繳為前提，有所得即應申報，為所得稅制之基本原則。

【舉例說明】
甲君獨資經營A診所，列報該診所全年所得額500萬元，經查獲A診所短漏報一般門診收入（自費收入）2,500萬元及虛列費用300萬元，核定甲君取自A診所執行業務所得3,300萬元，除補稅外並依所得稅法第110條第1項規定，按所漏稅額處2倍以下之罰鍰。

特別提醒，納稅義務人當年度實際有多少所得，係在其管領範圍內，即應誠實申報，並對申報內容盡審查核對之責，納稅義務人有類似情形未據實申報者，如屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，可依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳所漏稅款，僅須加計利息免予處罰。