納稅義務人為獨資或合夥組織營利事業之資本主或合夥人，其每年自其獨資經營事業所得之盈餘總額或合夥組織營利事業每年應分配之盈餘總額，屬所得稅法第14條第1項第1類之營利所得，應自行依規定辦理綜合所得稅結算申報。
非屬小規模獨資、合夥組織之營利事業，辦理104至106年度營利事業所得稅結算申報，應以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依所得稅法第14條第1項第1類規定列為營利所得，依規定課徵綜合所得稅。自辦理107年度營利事業所得稅結算申報起，獨資、合夥組織之營利事業依所得稅法第71條第1項規定辦理結算申報，無須計算及繳納其應納之結算稅額，其營利事業所得額，仍應由獨資資本主或合夥組織合夥人依所得稅法第14條第1項第1類規定列為營利所得，依規定課徵綜合所得稅。（各年度規定詳參附表）
獨資資本主或合夥組織合夥人取自其經營獨資或合夥組織營利事業之盈餘總額，非屬辦理綜合所得稅結算申報時，提供查詢所得資料之範圍，納稅義務人可按獨資或合夥組織營利事業所得稅結算申報資料，自行列報該筆營利所得，以免遭補稅及處罰。
【舉例說明】
納稅義務人A君為甲企業社之獨資資本主，甲企業社係使用統一發票商號，非屬小規模營業人（甲企業社）已依規定辦理105年度營利事業所得稅結算申報，惟A君透過網際網路方式辦理105年度綜合所得稅結算申報時，漏未將前開取自該商號之盈餘總額列報營利所得，併同其餘所得辦理105年度個人綜合所得稅結算申報，經該局查獲後，除補徵稅額外，並依所得稅法第110條第1項規定處以所漏稅額2倍以下之罰鍰。A君不服，表示其已依規定辦理甲企業社營利事業所得稅申報，且其綜合所得稅係向稽徵機關查詢所得資料，並憑以透過網際網路辦理結算申報，並非故意漏報，應予免罰。申經復查結果，以該筆漏報所得非屬財政部財政資訊中心或稽徵機關依規定應提供而未能提供之所得資料，尚無稅務違章案件減免處罰標準免罰規定之適用，遂駁回其復查申請。
有經營獨資、合夥組織之營利事業之資本主或合夥人應特別注意，每年其經營事業所得之營利所得，除應申報營利事業所得稅外，該所得因非屬財政部財政資訊中心或稽徵機關於結算申報期間提供查詢之所得範圍，是於辦理綜合所得稅結算申報時，應自行列報該筆所得，以免遭致處罰。