暫停營業之營利事業，依規定亦應於每年5月1日起至5月31日止，填具營利事業所得稅結算申報書向所轄國稅局辦理申報，如未於規定期限內辦理，經稽徵機關核定有應納稅額者，依所得稅法規定，將會被加徵滯報金或怠報金。
營利事業未依規定期限辦理結算申報，如在接到國稅局通知補報的滯報通知書之日起15日內補辦者，須按核定的應納稅額，另加徵10%滯報金（最高不得超過3萬元，最低不得少於1,500元）。但是若超過15日才補報，甚至未補報，國稅局將按照查得資料依同業利潤標準核定所得額及應納稅額，並按應納稅額另徵20%怠報金，其餘營利事業就要按核定的應納稅額，另加徵20%怠報金（最高不得超過9萬元，最低不得少於4,500元）。
【舉例說明】甲公司106年度7月1日起暫停營業，該公司106年度營利事業所得稅並未在規定期限（107年5月31日以前）辦理結算申報，若於暫停營業期間經國稅局調查核定106年度應納稅額為10萬元，甲公司在接獲國稅局的滯報通知書後，15日內補辦結算申報，除補稅外，須另加徵1萬元的滯報金；如超過15日才補報，除補稅外，則須另加徵2萬元的怠報金。
***特別提醒，年度中暫停營業之營利事業注意，仍應依規定於每年5月31日前辦理結算申報，以免遭受加徵滯報金或怠報金之處罰。