國內企業依所得稅法第3條第2項規定，申報扣抵依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅，有扣抵限額須注意，該扣抵稅額不得超過因加計國外所得而依國內適用稅率計算增加的結算應納稅額。企業跨國投資於境外設立分支機構與日俱增，依所得稅法第3條規定，營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證後，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。所謂國外所得是指收入減除成本及其損失費用後的淨額為所得額。
【舉例說明】
國稅局查核甲公司103年度營利事業所得稅結算申報案件，發現甲公司申報國外服務收入1,000萬元，且依規定取具經我國政府認許機構簽證之所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，申報扣抵營利事業所得稅200萬元。經查核發現甲公司所收取服務收入，有相對應之成本800萬元，依前揭規定，計算加計國外所得而依國內稅率計算增加的應納稅額為34萬元(國外所得200萬*17%)，故公司申報境外扣抵稅額超過其限額之部分166萬元否准扣抵應納稅額，爰以補稅。
營利事業如有申報扣抵依境外所得來源國稅法規定繳納的所得稅，應注意境外可扣抵稅額限額之計算是否正確，以免申報錯誤遭剔除補稅。