所得稅法第94條及同法施行細則第96條規定，扣繳義務人於扣繳稅款時，應隨時通知納稅義務人，並依所得稅法第92條規定填具扣繳憑單，發給納稅義務人。如原扣繳稅額與稽徵機關核定稅額不符時，扣繳義務人於繳納稅款後，應將溢扣繳稅款，退還納稅義務人。不足之數，由扣繳義務人補繳，但扣繳義務人得向納稅義務人追償。另扣繳義務人依規定將溢扣繳稅款退還納稅義務人者，可向該管稽徵機關申請退還或就其同年度應扣繳稅款內留抵之。如已屆年度結束，應向該管稽徵機關辦理退還手續。
進一步說明，扣繳義務人繳納扣繳稅款後，如果發現誤扣了稅款，應該把多扣的稅款退還納稅義務人，並向國稅局申請退還或扺繳同年度應扣繳之稅款。若逾年度結束時，仍有未抵繳完之稅款，可以檢附扣繳稅款繳款書正本和有關的證明文件向國稅局辦理退還。