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依稅捐稽徵法第48條之1規定，納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第41條至第45條之處罰及各稅法所定關於逃漏稅之處罰一律免除。

【舉例說明】
甲公司於100年間出售其地上權及房屋予第三人，該公司將應稅「地上權」之銷售額開立成免稅「土地」之統一發票，除經國稅局核算漏報應稅銷售額補徵營業稅額外，因甲公司100年度營利事業所得稅結算申報亦漏報出售資產增益，惟係經國稅局進行調查後，始自動補報補繳，則無免罰之適用，乃遭國稅局處罰。甲公司不服，主張國稅局之調查函係針對營業稅違章事實所為，與稅捐稽徵法第48條之1認定原則所訂之「營所稅調查基準日」不符，其已於調查前自動補報補繳應予免罰等語，申經復查及提起訴願均遭駁回，遂提起行政訴訟，全案經最高行政法院判決駁回確定在案。

國稅局進一步解釋，統一發票係實施商業會計法之營利事業據以登帳之憑證，營利事業銷售貨物或勞務，如未依規定開立統一發票，依經驗法則判斷，除構成逃漏營業稅外，因無憑證可據以登帳，其帳載營業收入將有短漏之情形，營利事業所得稅結算申報營業收入亦將隨之短漏，即營利事業未依規定開立統一發票，通常亦將構成逃漏營利事業所得稅，兩者間有牽連關係存在。又營利事業所得稅屬「未列選之查帳案件及擴大書面審核案件」者，始適用「以函查日（即發文日）為調查基準日」；若屬「其他涉嫌漏稅案件」，應以「進行調查之作為有數個時，以最先作為之日為調查基準日」，則本件國稅局以營業稅經辦人員最先進行函查之日，作為甲公司營利事業所得稅之調查基準日，並無不合。

特別提醒，稅捐稽徵法第48條之1規定所稱之「補報並補繳所漏稅款」，乃指於調查基準日前向主管稽徵機關申報並繳納，以鼓勵自新及節省稽徵成本，納稅義務人不得不慎，以免遭罰。