納稅義務人本人、配偶或受扶養親屬的證券交易所得額，不併計綜合所得總額，惟須經個別計算損益後，按15%的稅率分開計算應納稅額，由納稅義務人於辦理年度綜合所得稅結算申報時，合併報繳。
【舉例說明】
甲君為中華民國境內居住之個人，於103年3月6日在乙公司股票上市前之承銷階段取得乙公司IPO股票20張（每股取得成本10元），並於同年5月6日（乙公司上市後）將持股全數出售，每股售價12元，支付證券交易稅720元及手續費627元，則甲君證券交易所得額及應納稅額計算如下：
（1）甲君於乙公司上市前之承銷階段取得IPO股票超過1萬股（20張*1,000股），應適用核實課稅。
（2）甲君證券交易所得額為38,653元【即（12元*20張*1000股）-（10元*20張*1,000股）-（720元+627元）】。
（3）甲君應納稅額為5,797元（即38,653元*15%）。
綜合所得稅係以家戶為申報單位，而證券交易所得申報也是以家戶為申報單位，納稅義務人與其依所得稅法規定應合併申報的配偶及受扶養親屬，有應納入課稅的證券交易所得時，不併計綜合所得總額，而由納稅義務人分開計算稅額、合併報繳。惟非中華民國境內居住之個人，應以個人為申報單位。
同一申報戶的個人應分別計算其證券交易所得或損失;個人經計算有證券交易損失者，僅得自該個人當年度證券交易所得中減除，虧損不得後延;請納稅義務人多加注意相關法令規定辦理，以免影響自身權益。