財政部考量現行兩稅合一完全設算扣抵制度，對於促進投資無明顯助益，且每年造成國庫稅收損失，影響財政健全，為改善所得分配並適度提高高所得者對社會之回饋，乃擬具「所得稅法」部分條文修正案，於103年5月16日經立法院三讀通過，並於同年6月4日經總統公布。
進一步說明，本次主要修正內容如下：
一、修正兩稅合一「完全設算扣抵制」為「部分設算扣抵制」
（一）調整我國境內居住個人股東獲配股利淨額之可扣抵稅額為原可扣抵稅額之半數；另為衡平租稅負擔，非居住者股東獲配股利淨額之可扣抵稅額中，屬加徵10%營利事業所得稅抵繳該股利淨額之應扣繳稅額部分，亦調整為現行規定之半數。（修正條文第66條之4、第66條之6及第73條之2）
（二）為衡平獨資、合夥組織與公司組織在部分設算扣抵制度下之租稅負擔，因此規定獨資、合夥組織營利事業辦理結算、決算及清算申報時，應繳納全年應納稅額之半數；另基於簡政便民考量，小規模之獨資、合夥仍維持現行課稅制度。（修正條文第14條、第71條、第75條、第79條、第108條及第110條）
二、修正綜合所得稅稅率結構
將現行綜合所得稅課稅級距由五級調整為六級，增加綜合所得淨額超過1,000萬元部分，適用45%稅率規定，適度提高高所得者對社會之回饋，以達量能課稅及適度縮小貧富差距目標。（修正條文第5條）
三、配套措施
為適度減輕中低所得者、薪資所得者及特殊境遇家庭租稅負擔，納稅義務人個人標準扣除額由7.9萬元提高至9萬元、有配偶者由15.8萬元提高至18萬元，薪資所得特別扣除額及身心障礙特別扣除額分別由10.8萬元提高至12.8萬元。（修正條文第17條）
國稅局指出，上開「所得稅法」部分條文修正除66條之4、第66條之6及第73條之2自104年1月1日施行外，其餘條文自104年度施行。