總機構在中華民國境內之營利事業，應就其境內外全部營利事業所得，合併申報課稅。但為避免重複課稅，境外所得如有繳納所得來源國或地區之所得稅，得提出所得來源國或地區稅務機關發給之同一年度納稅憑證，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵，惟扣抵之數不得超過因加計該境外所得所增加之結算應納稅額。
營利事業於計算境外所得扣抵稅額時，該境外所得係以境外收入總額減除相關成本費用為所得額，非僅指收入總額。又所稱「同一年度」納稅憑證，係指營利事業按權責基礎併計之境外所得所屬年度之同一年度，倘營利事業於結算申報時，未能及時提出同一年度納稅憑證，可依稅捐稽徵法第28條規定，自溢繳稅款之日起5年內檢附具體證明向所在地主管稽徵機關申請退還。
【舉例說明】
甲公司107年10月承接一筆訂價100萬元之國外技術服務合約，同年12月完成該技術服務，於108年5月辦理107年度營利事業所得稅結算申報時，依權責發生基礎列報該筆國外技術服務收入100萬元及相關成本費用30萬元，境外所得70萬元(100萬元-30萬元)加計境內所得200萬元，合計全部營利事業所得額為270萬元，應納稅額54萬元(270萬元×適用稅率20%)。嗣於108年7月收取該筆境外技術服務報酬，依所得來源國稅法規定繳納所得稅25萬元並取得納稅憑證，則甲公司可按稅捐稽徵法第28條規定，向所在地國稅局申請退還107年度營利事業所得稅溢繳稅款。又該筆境外所得繳納之所得稅25萬元已超過其因加計境外所得所增加之結算應納稅額14萬元(54萬元-境內所得200萬元×適用稅率20%)，故僅得退還14萬元。
營利事業申報扣抵境外所得於所得來源國或地區繳納之所得稅，僅能扣抵該筆納稅憑證相關之境外所得歸屬年度之應納稅額，且其扣抵金額不得超過因加計境外所得而增加之結算應納稅額。請營利事業留意相關規定，以維自身權益。