保稅貨物盤虧補稅案件，其補徵之營業稅額，營業人不得列入扣抵銷項稅額，請營業人於申報營業稅時特別注意。
貨物進口時，應徵之營業稅，由海關代徵。營業人得於繳納後，以海關代徵營業稅繳納證扣抵聯申報扣抵銷項稅額。惟依加值型及非加值型營業稅法施行細則第30條第2項第2款規定，保稅區營業人或海關管理之免稅商店、離島免稅購物商店辦理保稅貨物盤存，實際盤存數量少於帳面結存數量，經海關補徵之營業稅額，不可列入扣抵銷項稅額。海關核發之「海關進口貨物稅費繳納證兼匯款申請書」第二聯扣抵聯，亦加註提醒營業人不得列入扣抵。營業人若疏忽將不得扣抵進項申報扣抵銷項稅額，致有漏稅額，除追繳稅款外，將按漏稅額處5倍以下罰鍰。
為維護自身權益，營業人於申報營業稅時，應特別留意取具之憑證是否為不得扣抵之進項憑證。如因一時疏忽，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，在未經他人檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動補報補繳所漏稅款並加計利息者，可依稅捐稽徵法第48條之1規定，免予處罰。