納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報，可利用自然人憑證、財政部審核通過之金融憑證或已註冊之健保卡，經由報稅軟體下載或至國稅局臨櫃查調所得資料，並透過網際網路辦理結算申報。
納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報，申報課稅之所得額如有漏報或短報情事，應處以所漏稅額2倍以下之罰鍰；惟依「稅務違章案件減免處罰標準」規定，納稅義務人依規定向財政部財政資訊中心或稽徵機關查詢課稅年度所得及扣除額資料，並憑以透過「網際網路」辦理結算申報，其經調查核定短漏報之課稅所得，屬財政部財政資訊中心或稽徵機關依規定應提供而未能提供之所得資料者，免予處罰。
【舉例說明】
納稅義務人林君於106年9月間自A公司退休並領有退職所得，因A公司會計人員疏失，未如期彙報國稅局退職所得扣繳憑單，致林君於辦理106年度綜合所得稅申報期間，至國稅局查調所得資料時，所得查詢清單上未列該筆退職所得，林君誤認無退職所得而未申報，致生漏報所得60餘萬元，雖然林君已查詢106年度所得資料紀錄並無退職所得，因林君採人工填寫申報書方式申報，故無稅務違章案件減免處罰標準免罰規定之適用，仍應受罰。
特別提醒，網路申報方便、省時好處多，如已利用憑證下載或至國稅局查調所得並利用網路申報，如有漏報稽徵機關應提供而未提供之所得，可補稅而免予處罰；如採其他方式申報者，請自行檢視是否申報正確，在未經稽徵機關進行調查或經人檢舉前，辦理補報補繳稅額並加計利息，始可免受處罰。