近來許多民眾詢問臺灣公司派駐前往大陸地區任職，並由大陸公司給付薪資所得，該員工所領之薪資所得是否應申報綜合所得稅及大陸地區已繳納之所得稅可否扣抵問題。
依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，納稅義務人取得大陸地區來源所得，應併同臺灣地區來源所得課徵綜合所得稅；但其在大陸地區已繳納之所得稅額，得自應納稅額中扣抵，惟不得超過因加計大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
【舉例說明】
納稅義務人甲君106年度派駐大陸工作，其取自大陸地區來源所得1,500,000元，漏未併入當年度綜合所得稅辦理結算申報。甲君雖稱其以自然人憑證所查得之各類所得資料中，並無大陸地區來源之薪資所得，且該項所得在大陸地區已繳納稅捐，故不必再申報，惟大陸地區來源所得非屬提供查詢之所得資料範圍，且綜合所得稅係採自行申報制，甲君未依規定將大陸地區來源所得併入綜合所得總額申報，致有短漏報所得情事，除補徵稅額外，尚應依所得稅法第110條第1項規定處罰。
民眾於綜合所得稅結算申報期間利用「自然人憑證」、「健保卡+註冊密碼」或「電子憑證」等查詢、下載之所得資料或向稽徵機關辦理臨櫃查詢之所得資料，均僅供申報時參考，如尚有其他來源之所得資料，仍應主動誠實申報。