教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下簡稱機關團體）應符合所得稅法、教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下簡稱免稅標準)及相關法令規定，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，始得免納所得稅。如有未依規定申報所得稅，甚至短漏報課稅所得額，將補稅及處罰。
進一步說明，106年度機關團體所得稅結算申報案件查核作業即將進行，該局依據往年查核經驗，彙整常見的課稅所得額調整及違章疏失型態如下，提供機關團體參考。
一、機關團體依公益勸募條例募得之捐款，雖屬專款專用性質，惟仍屬募得年度之「銷售貨物或勞務以外之收入」。常見機關團體漏未加計公益勸募捐款收入，致漏報收入金額超過新臺幣10萬元或短漏報收入占核定全年收入之比例超過10%，未符合免稅標準第2條第1項第9款會計紀錄完備之規定，除補稅外，還會被處漏稅罰。
二、機關團體於計算徵免所得稅時，應就相關成本、費用性質劃分為與其創設目的有關活動之支出及銷售貨物或勞務之成本、費用。若與創設目的無關者，即不符合免稅標準第2條第1項第4款規定，應就全部結餘款課徵所得稅。
三、機關團體適用所得稅法第39條有關前10年虧損扣除之規定，僅限「銷售貨物或勞務」部分所發生之虧損及所得，且虧損及申報扣除年度皆需經會計師查核簽證。常見機關團體將以前年度「非銷售貨物或勞務」部分所發生之虧損併計扣抵，或未經會計師查核簽證申報仍採用盈虧互抵之情形。
特別提醒，機關團體重新檢視申報資料，如有不符合稅法相關規範者，應主動向所在地稽徵機關辦理更正申報，並自動補報補繳應納稅額及加計利息，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第48條之1規定，可免予處罰。