私人團體、私立學校、私營事業、破產財團或執行業務者，每年所給付依所得稅法第88條規定應扣繳稅款之所得，因未達起扣點而未經扣繳稅款，仍應依所得稅法第89條第3項規定，於每年1月底前，將受領人姓名、住址、國民身分證統一編號及全年給付金額等，依規定格式據實列單申報主管稽徵機關；並應於2月10日前，將免扣繳憑單填發納稅義務人。
依所得稅法第111條規定，私人團體、私立學校、私營事業、破產財團或執行業務者，違反同法第89條第3項規定，未依限填報或未據實申報或未依限填發免扣繳憑單者，處該團體或學校之責應扣繳單位主管、事業之負責人、破產財團之破產管理人或執行業務者1,500元之罰鍰，並通知限期補報或填發；屆期不補報或填發者，按所給付之金額，處5%之罰鍰(最高不得超過90,000元，最低不得少於3,000元)。
【舉例說明】
甲公司給付員工B君未達起扣點之薪資所得，卻未依限於1月底前申報免扣繳憑單，案經查獲，處甲公司負責人A君1,500元之罰鍰。
特別提醒民眾，103年1月8日增訂所得稅法第94條之1明定得免填發憑單予納稅義務人之情形，仍限於機關、團體、學校、事業、破產財團及執行業務者，已依規定期限將憑單申報該管稽徵機關，而憑單內容符合:
一、納稅義務人為在中華民國境內居住之個人、在中華民國境內有固定營業場所之營利事業、機關、團體、執行業務者或信託行為之受託人。
二、扣繳或免扣繳資料經稽徵機關納入結算申報期間提供所得資料查詢服務。
三、其他財政部規定之情形。
方予適用，至於逾期申報各類所得之扣繳或免扣繳憑單，在稽徵機關查獲前雖已自動補報者，依規定僅得減輕處罰，並無稅捐稽徵法第48條之1免罰之適用，爰呼籲各扣（免）繳憑單之申報義務者，應把握時效，於期限內依規定辦理申報，以免受罰。