雇主繳納之勞、健保費，屬雇主應負擔之部分，不計入員工薪資所得。但屬員工應自行負擔之部分，扣繳義務人於計算扣繳稅款時，不可自員工薪資所得中減除。

員工每月薪資所得之計算，係以每月在職務上或工作上取得之各種應稅收入為所得額，並填報於扣繳憑單之（薪資所得）給付總額。至雇主自薪資所得中扣付之工會會費、職工福利金及保險費等員工應自行負擔之費用，則不得自薪資所得中減除。

進一步說明，扣繳義務人在計算屬居住者之員工每月薪資所得扣繳稅款時，應依給付年度薪資所得扣繳稅額表扣繳所得稅款，或按全月給付總額扣取5％，另兼職所得及非每月給付之薪資，每次給付金額未達薪資所得扣繳稅額表起扣標準者，免予扣繳。籲請扣繳義務人注意依上開規定扣繳稅款及填報員工薪資所得扣繳憑單，以免因短漏扣繳致需補扣繳稅款及遭處罰鍰。