營業人之總公司及其他固定營業場所，依規定應分別申請營業登記，總公司固得經財政部核准就其分公司所銷售之貨物或勞務，由總公司合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額（即由總機構總繳），惟就營業稅法而言，總公司及其他固定營業場所係屬不同之營業主體，各營業人應分別就其實際銷售貨物或勞務，以自己名義開立統一發票交付買受人，以免遭受處罰。
【舉例說明】
甲公司99年間銷售房屋，未依規定開立發票予買受人，卻由其分公司開立統一發票交付買受人，經國稅局查獲，依稅捐稽徵法第44條規定處以1,000,000元罰鍰。甲公司不服，申請復查，主張分公司與總公司權利主體單一而不可分割，以總公司名義登記為房屋所有權人，而銷售該房屋時，以同一法人格之分公司名義開立發票，亦為法所容認，故只要「營利事業」（不論總公司或分公司）有給與他人憑證之行為，即不發生稅捐稽徵法第44條第1項處罰之情事云云，經國稅局復查決定，維持原處分，甲公司不服，循序提起訴願及行政訴訟，案經最高行政法院判決上訴駁回。
有關開立發票之主體，因營業登記不以有法人格為限，分支機構亦得為之，則依營業稅法第28條規定辦理營業登記之分支機構，應依營業稅法第32條及第38條規定，開立統一發票及報繳營業稅。營業人之總機構及分支機構就其銷售貨物或勞務，應由各營業登記之實際交易主體為之，而不受法人格影響，從而本件甲公司為系爭交易之實際銷售人，自應依法開立統一發票交付買受人，其未依規定開立，即屬該當稅捐稽徵法第44條「應給與他人憑證而未給與」之行為罰構成要件，且行為人一旦違反作為義務，不問有無漏稅結果，即應予處罰，縱行為人之行為於稅賦之結果並無影響，仍不影響行為罰之成立。