納稅義務人違反稅法上義務而受罰鍰之處罰時，有關應處罰鍰之倍數或金額，按法律保留原則，皆明定於各該相關法律中，稅務人員應依法定之倍數或金額作為處罰依據，再審酌納稅者違反稅法上義務行為應受責難程度、所生影響及因違反稅法上義務所得之利益，並得考量納稅者之資力後，在法定範圍內裁處。

進一步說明，行政機關行使法律所授與裁量權，除必須實踐具體個案正義外，並應顧及法律適用的一致性，以符合平等原則。財政部爰按各種稅務違章情形及違章後情形等事項依法訂定稅務違章案件減免處罰標準(以下簡稱減免處罰標準)及稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表(以下簡稱裁罰參考表)，作為稅務機關對違章案件依法減輕或免予處罰標準及行使裁量權之準則，並於裁罰參考表使用須知中載明，裁罰參考表訂定之裁罰金額或倍數未達稅法規定之最高限或最低限，而違章情節重大或較輕者，仍得加重或減輕其罰，至稅法規定之最高限或最低限為止，絕非由稅務人員任意決定。

營業人已如期申報銷售額，但未繳納應納稅額者，應自繳納期限屆滿的次日起，每逾2日按滯納的稅款加徵1%滯納金，並不因已如期申報，而適用自動補報補繳加計利息免罰的規定。
【舉例說明】
甲公司於106年5月15日辦理106年3至4月期銷售額申報，惟未繳納營業稅，遲至106年5月18日才繳納，已逾規定繳納期限3日，依規定應按其滯納的稅款加徵1%滯納金。甲公司不服，認為短漏報稅捐者，依稅捐稽徵法第48條之1規定，納稅義務人主動補報補繳所漏稅款，只要是未經檢舉或未進行調查的案件，均可免除處罰，僅須受較輕的加計利息處分；反觀延遲繳納稅款者，卻須受較重的加徵滯納金處分，遂提起行政救濟，經行政法院裁定駁回。
行政法院裁定理由指出，滯納金的加徵，係因甲公司未於期限內繳納稅款所加的制裁，與是否自行申報或有無經法院裁罰等無關。課徵營業稅所附加的滯納金，其法律性質相當於司法上債務關係的延遲利息，具有對於遲延納稅的民事罰性質。據此，加徵滯納金是對納稅義務人違反結算申報作為義務所為之制裁，乃增進公共利益所必要，與憲法比例原則尚無牴觸。又稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免罰規定，僅適用在科處罰鍰及刑責案件，本件甲公司僅予加徵滯納金，並未科處罰鍰，自無該條規定之適用。

兼營投資業務之營業人於年度中所收之股利收入，得暫免列入當期之免稅銷售額申報，俟年度結束，將全年股利收入，彙總加入當年度最後一期之免稅銷售額申報計算應納或溢付稅額，並依『兼營營業人營業稅額計算辦法』之規定，按當年度不得扣抵比例計算調整稅額，併同繳納，其未依規定辦理致漏報營業稅額者，除應補徵所漏營業稅額外，並應依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第51條第1項第5款規定處罰。