營業人已如期申報銷售額，但未繳納應納稅額者，應自繳納期限屆滿的次日起，每逾2日按滯納的稅款加徵1%滯納金，並不因已如期申報，而適用自動補報補繳加計利息免罰的規定。
【舉例說明】
甲公司於106年5月15日辦理106年3至4月期銷售額申報，惟未繳納營業稅，遲至106年5月18日才繳納，已逾規定繳納期限3日，依規定應按其滯納的稅款加徵1%滯納金。甲公司不服，認為短漏報稅捐者，依稅捐稽徵法第48條之1規定，納稅義務人主動補報補繳所漏稅款，只要是未經檢舉或未進行調查的案件，均可免除處罰，僅須受較輕的加計利息處分；反觀延遲繳納稅款者，卻須受較重的加徵滯納金處分，遂提起行政救濟，經行政法院裁定駁回。
行政法院裁定理由指出，滯納金的加徵，係因甲公司未於期限內繳納稅款所加的制裁，與是否自行申報或有無經法院裁罰等無關。課徵營業稅所附加的滯納金，其法律性質相當於司法上債務關係的延遲利息，具有對於遲延納稅的民事罰性質。據此，加徵滯納金是對納稅義務人違反結算申報作為義務所為之制裁，乃增進公共利益所必要，與憲法比例原則尚無牴觸。又稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免罰規定，僅適用在科處罰鍰及刑責案件，本件甲公司僅予加徵滯納金，並未科處罰鍰，自無該條規定之適用。

兼營投資業務之營業人於年度中所收之股利收入，得暫免列入當期之免稅銷售額申報，俟年度結束，將全年股利收入，彙總加入當年度最後一期之免稅銷售額申報計算應納或溢付稅額，並依『兼營營業人營業稅額計算辦法』之規定，按當年度不得扣抵比例計算調整稅額，併同繳納，其未依規定辦理致漏報營業稅額者，除應補徵所漏營業稅額外，並應依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第51條第1項第5款規定處罰。

常發現受託代購統一發票之稅務代理業者誤將A營業人之統一發票交給B營業人，致有將統一發票轉供他營業人使用情形，如於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動向稽徵機關報備實際使用情形且1年內未達3次者，可免予處罰。
依加值型及非加值型營業稅法第47條第2款規定，納稅義務人如有將統一發票轉供他人使用，除通知限期改正或補辦外，並得處新臺幣3千元以上3萬元以下罰鍰；屆期仍未改正或補辦者，得按次處罰，並得停止其營業。又依「稅務違章案件減免處罰標準」第16條之2及第24條第1款規定，依加值型及非加值型營業稅法第47條第2款規定應處罰鍰案件，於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，已自動向稽徵機關報備實際使用情形者，免予處罰，惟1年內有相同違章事實3次以上者，則無前開免予處罰規定之適用。