營業人已如期申報銷售額，但未繳納應納稅額者，應自繳納期限屆滿的次日起，每逾2日按滯納的稅款加徵1%滯納金，並不因已如期申報，而適用自動補報補繳加計利息免罰的規定。【舉例說明】甲公司於106年5月15日辦理106年3至4月期銷售額申報，惟未繳納營業稅，遲至106年5月18日才繳納，已逾規定繳納期限3日，依規定應按其滯納的稅款加徵1%滯納金。甲公司不服，認為短漏報稅捐者，依稅捐稽徵法第48條之1規定，納稅義務人主動補報補繳所漏稅款，只要是未經檢舉或未進行調查的案件，均可免除處罰，僅須受較輕的加計利息處分；反觀延遲繳納稅款者，卻須受較重的加徵滯納金處分，遂提起行政救濟，經行政法院裁定駁回。行政法院裁定理由指出，滯納金的加徵，係因甲公司未於期限內繳納稅款所加的制裁，與是否自行申報或有無經法院裁罰等無關。課徵營業稅所附加的滯納金，其法律性質相當於司法上債務關係的延遲利息，具有對於遲延納稅的民事罰性質。據此，加徵滯納金是對納稅義務人違反結算申報作為義務所為之制裁，乃增進公共利益所必要，與憲法比例原則尚無牴觸。又稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免罰規定，僅適用在科處罰鍰及刑責案件，本件甲公司僅予加徵滯納金，並未科處罰鍰，自無該條規定之適用。
有營業人詢問於簽約出售房屋時所預收訂金，事後若因買受人違約而沒收訂金，是否可以買受人出具之進貨退出或折讓證明單等證明，申報銷售額之減項？營業人銷售房屋在交屋前所預收訂金，應依規定開立統一發票交付買受人並報繳營業稅。惟事後因故解約而沒收其簽約金或訂金，依稅法規定，仍屬銷售額之範圍，應課徵營業稅，所以解約時不得以進貨退出或折讓證明單等證明申報為銷售額之減項。
營業人與地主合建分屋，除地主自始至終均未曾列名為起造人，且建方於房屋興建完成辦理總登記後，始將地主應分得房屋之所有權移轉與地主者，應以房屋所有權移轉與地主之登記日為房屋換出日外，其餘均應以房屋使用執照核發日為房屋換出日。建方應於上述換出日起3日內開立統一發票，並按換入土地及換出房屋當地同時期市場銷售價格從高認定其應開立之統一發票，始為適法。