甲公司承攬社區大樓保全業務，每月收取服務費用新臺幣(下同)35萬元〔含人事薪資費用30萬元及行政管銷費用5萬元〕，甲公司僅就行政管銷費用5萬元開立發票，經國稅局查獲認定承攬期間短開發票約800萬元，補徵稅額40萬元，並處罰鍰60萬元。甲公司不服，主張所承攬社區大樓服務型態為顧問方式，合約書明確記載工作人員薪資費用每月30萬元，該公司僅代收轉付大樓保全人員薪資費用，不應列為收入。
保稅貨物盤虧補稅案件，其補徵之營業稅額，營業人不得列入扣抵銷項稅額，請營業人於申報營業稅時特別注意。貨物進口時，應徵之營業稅，由海關代徵。營業人得於繳納後，以海關代徵營業稅繳納證扣抵聯申報扣抵銷項稅額。惟依加值型及非加值型營業稅法施行細則第30條第2項第2款規定，保稅區營業人或海關管理之免稅商店、離島免稅購物商店辦理保稅貨物盤存，實際盤存數量少於帳面結存數量，經海關補徵之營業稅額，不可列入扣抵銷項稅額。海關核發之「海關進口貨物稅費繳納證兼匯款申請書」第二聯扣抵聯，亦加註提醒營業人不得列入扣抵。營業人若疏忽將不得扣抵進項申報扣抵銷項稅額，致有漏稅額，除追繳稅款外，將按漏稅額處5倍以下罰鍰。
目前營業人每月銷售額達新臺幣（下同）20萬元即須核定使用統一發票，但是許多小吃店、冷飲店現場賣的都是湯湯水水，或者是滿手油膩膩之食品，不方便開立統一發票，所以財政部在89年發布解釋函，將供應大眾化消費之豆漿店、冰果店、甜食館、麵食館、自助餐、排骨飯、便當及餐盒等歸類為營業性質特殊營業人，縱然每月銷售額超過20萬元，國稅局仍依「營業稅特種稅額查定辦法」查定其每月銷售額，適用1%稅率核定營業稅。