依所得稅法第110條第3項規定，營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，應就短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，分別按已依規定或未依規定辦理結算申報之不同，處以2倍以下或3倍以下罰鍰，但最高不得超過90,000元，最低不得少於4,500元。
【舉例說明】
甲公司99年度營利事業所得稅結算申報，申報全年所得額為虧損1,200餘萬元，嗣遭人檢舉漏報其他收入，經國稅局調查後，認定其漏報其他收入2,400,000元，經加計該筆漏報之收入，全年所得額仍為虧損並無應納稅額，惟依前揭規定仍應處罰。因該公司已承認違章事實並願意繳清罰鍰，故依稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表規定，就該公司短漏所得額240萬元，按當年度所漏稅額408,000元（2,400,000元×17%），處以0.4倍罰鍰計163,200元，但依規定最高不得超過90,000元，所以處以罰鍰90,000元。

國內部分業者為降低經營成本，自大陸或越南地區申報進口貨物再轉售之情形日漸普遍。部分進口業者為規避稅負，除於申報進口時，以低報進口貨物完稅價格方式規避關税外，更因其進口貨物之成本已較國內貨物成本為低，若依國內市場交易價格出售，將會產生大額之利潤，部分業者乃利用關係企業間之安排致虛增營業成本及營業費用，或短、漏開統一發票方式，以達到其逃漏稅之目的。

依稅捐稽徵法第48條之1規定，納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，依稅捐稽徵法第41條至第45條之處罰及各稅法所定關於逃漏稅之處罰一律免除。

【舉例說明】
甲公司於100年間出售其地上權及房屋予第三人，該公司將應稅「地上權」之銷售額開立成免稅「土地」之統一發票，除經國稅局核算漏報應稅銷售額補徵營業稅額外，因甲公司100年度營利事業所得稅結算申報亦漏報出售資產增益，惟係經國稅局進行調查後，始自動補報補繳，則無免罰之適用，乃遭國稅局處罰。甲公司不服，主張國稅局之調查函係針對營業稅違章事實所為，與稅捐稽徵法第48條之1認定原則所訂之「營所稅調查基準日」不符，其已於調查前自動補報補繳應予免罰等語，申經復查及提起訴願均遭駁回，遂提起行政訴訟，全案經最高行政法院判決駁回確定在案。