營利事業所得稅查核準則第99條第1款規定所稱之「投資損失應以實現者為限」，係指投資後被投資公司所發生之損失實現而言，如為投資前已發生之損失，不得列報。【舉例說明】甲公司於105年間以新臺幣(下同)1.6億元買進乙公司80%股權，乙公司於106年股東會通過辦理減資以彌補虧損，減少實收資本額1億元，減資比率50%；甲公司106年度營利事業所得稅結算申報，即以投資成本1.6億元乘以減資比率50%，申報投資損失8千萬元。惟乙公司實收資本額2億元，106年減資彌補虧損前之累積虧損1億元，甲公司105年投資前，乙公司帳上已有累積虧損6千萬元，此虧損並非甲公司參與投資後之損失，自不符合投資損失認列要件。故按甲公司投資乙公司營運後產生之淨損比例重新核算，甲公司可申報之投資損失為3千2百萬元〔投資成本1.6億元*（投資後發生之虧損4千萬元/減資前累積虧損1億元）*減資比率50%〕，其餘4千8百萬元不可列報。
營利事業所得之計算，應依所得稅法第24條規定，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。且依收入與成本費用配合原則，損失並應以合理且必要者為限，始得自收入總額中予以減除。又依所得稅法第38條規定，經營本業及附屬業務以外之損失，不得列為費用或損失。故營利事業損失發生之「原因」，性質上非產生該營利事業收入之來源，即營利事業不會因該「原因」之存在而得產生收入，則該損失即因與該營利事業之本業或附屬業務無關，自不得作為該營利事業之損失予以列報。【舉例說明】A公司於100年度列報提供B公司仲介勞務完成所收取之佣金收入6,000,000元，嗣A公司主張雙方於103年合意解除仲介契約，其返還B公司佣金款6,000,000元並列報為當年度其他損失，經國稅局否准認列。A公司不服，主張其合約既於103年合意解除，自應溯及訂約時失其效力，其依所負回復原狀義務返還不當得利佣金款6,000,000元，自應列報103年度其他損失會計事項云云，申經復查、提起訴願及行政訴訟均遭駁回，並經最高行政法院判決駁回確定。
佣金支出係營利事業對經紀人、代理人或代銷商因介紹或代理銷售產品或服務而支付之報酬，因此有無支付佣金之必要，應以有無實際提供仲介勞務為判斷標準，若營利事業未提示足資證明確有居間仲介事實之證明文件，則不得列報為營利事業費用。【舉例說明】A公司103年度營利事業所得稅結算申報，列報給付B公司佣金支出4百餘萬元，經國稅局以其未提示確有居間仲介事實證明文件剔除補稅。A公司不服，申請復查，主張已提示佣金合約、匯款憑證及收據等資料，其與B公司確有居間仲介事實。經國稅局查核結果，以A公司並未提出銷貨收入分類帳，無從得知其三角貿易銷貨收入之國外各筆買受資料，亦未提示相關佣金支出計算方式，致無從和匯出外銷佣金支出明細表比對；又依其提出之結匯證明單，系爭佣金支出款項係匯予C君，尚非B公司，其無法提出系爭佣金支出之轉付證明，自難認定B公司有為A公司提供居間仲介業務之事實，原核定予以剔除補稅並無不合。A公司循序提起訴願及行政訴訟，案經最高行政法院判決駁回確定在案。