近年來常有營利事業為妥善運用資金，利用閒置資金向金融機構申購國內外基金作為投資選擇，但必須注意買賣國外基金之利得，並不屬於停徵證券交易所得稅之範圍。基金投資分為國內基金及國外基金兩種:【國內基金】係指在國內登記註冊並發行之基金，依現行所得稅法第4條之1規定，處分國內基金所發生之利得屬證券交易所得，於證券交易所得停徵期間，免徵營利事業所得稅，惟應申報營利事業所得基本稅額。【國外基金】係指登記註冊在我國以外之地區，由國外基金公司所發行，經我國政府核准後在國內銷售之基金，其處分基金之利得屬於境外投資所得，不適用有關證券交易所得停徵所得稅之規定，仍應依所得稅法第3條第2項規定併計營利事業所得額申報納稅。
外國公司在臺分公司以本身自有資金購置不動產，其所有權雖登記於外國總公司名下，倘該不動產係供該分公司業務上使用，並列入該分公司財產目錄者，可於辦理營利事業所得稅結算申報時，依法提列折舊。外國公司在臺分公司受限於分公司並非權利主體，而將其以自有資金購買之房屋，登記於外國總公司名下，惟其同時符合「供營業上使用」及「列入分公司財產目錄」要件者，得列報該房屋之折舊費用。
會計基礎採權責發生制之營利事業，應依權責基礎處理會計事項，如因特殊情形，於年度決算時，無法確知之費用或損失，始得於確知年度以過期帳或費用處理。依營利事業所得稅查核準則第64條規定，凡應歸屬於本年度之費用或損失，除會計基礎經核准採用現金收付制者外，應於年度決算時，就估列數字予以列帳，但年度決算時，因特殊情形無法確知之費用或損失，得於確知之年度以過期帳費用或損失處理。換言之，營利事業之費用或損失如非屬當年度無法確知者，即應於權責發生時帳（估）列相關損費，尚不得於以後年度以過期帳列支。