個人自105年1月1日以後取得之房屋、土地，除了依所得稅法第4條之5有免納所得稅情形之一者，不論有無應納稅額，應於房屋、土地完成所有權移轉登記日之次日起算30日內應向戶籍地國稅局辦理申報。為使民眾正確辦理房地合一申報，以下歸納未辦理申報常見類型：1.因不熟悉房地合一申報規定，誤認該筆所得應併入綜合所得稅結算申報。2.因房屋、土地交易虧損，誤認無所得無須申報。3.誤認交換房屋、土地不屬房地合一課徵範圍。4.誤認僅出售土地不屬房地合一課徵範圍。5.誤認非自行交易(如法院拍賣)房屋、土地，無須申報。6.房地合一實施前後陸續取得同地號之土地持分，或取得不同地號之土地後合併，105年以後出售時僅出售部分土地持分，誤認不屬房地合一課徵範圍。7.自行認定交易之農地屬免申報範圍，卻無法檢附農地農用證明及不課徵土地增值稅證明，誤認不屬房地合一課徵範圍。8.二等親買賣案件有給付價金，誤認已申報贈與稅無須申報房地合一。
財政部今(31)日核釋，個人取得配偶贈與之房屋、土地，其配偶贈與時適用遺產及贈與稅法第20條第1項第6款配偶相互贈與之財產不計入贈與總額規定者。當個人出售時，應以配偶間第1次相互贈與前配偶原始取得該房屋、土地之日為取得日，並按配偶原始取得該房屋、土地之原因(例如出價取得、繼承或受贈)，依所得稅法相關規定認定其取得日、取得成本及費用課徵所得稅。若配偶原始取得原因為繼承，且其繼承取得日係在105年1月1日以後，而被繼承人取得房屋、土地時點係在104年12月31日以前，個人出售該房屋、土地時，應依所得稅法第14條第1項第7類(下稱舊制)規定課稅；如該房屋、土地符合同法第4條之5自住優惠規定且較為有利時，得選擇依同法第14條之4及第14條之5房地合一課稅新制(下稱新制)規定課稅。
甲君未依限辦理房屋土地交易所得稅(以下簡稱房地合一稅)申報，除被核定補徵稅款外並處以罰鍰。甲君不服，主張因對稅法不熟，出售房屋土地時委託代書代為處理，誤認代理人已完成申報，並非刻意漏報，請免予處罰云云，申經復查及訴願均遭駁回。進一步說明，參酌最高行政法院100年度8月份第2次庭長法官聯席會議決議，人民委任代理人參與行政程序，就該代理人之故意、過失負推定故意、過失責任。房地合一稅係採自行申報制，有符合課稅範圍者，即應據實申報納稅；納稅義務人不因選任代理人辦理房屋土地所有權移轉登記等事宜，而免除其公法上義務，其未依法申報繳納房地合一稅，即有過失，並不符合納稅者權利保護法第16條第1項規定：「納稅者違反稅法上義務之行為非出於故意或過失者，不予處罰。」自不得以不諳法令或委託人未代為申報為由請求免予裁罰。